Các bác giúp em vấn đề thay đổi cấu trúc Link

Các bác cho em hỏi, em vừa nhận SEO một website. website này cũng được index khoảng hơn 100 page gì đó. PR = 0, nói chung chưa có uy tín và đang cần SEO. Giờ em đang tối ưu Onpage cho nó, và có lẽ chắc phải đập hết cả cấu trúc Link, Category, Title,... để tối ưu lại.

Cho em hỏi liệu việc Index lại, có gặp khó khăn gì không sau khi em tối ưu Onpage và kéo backlink về. Vì khoảng hơn 100 page nội dung kia đã được Index trước với cấu trúc link cũ, và với cấu trúc link mới này thì các nội dung đó không thay đổi hoặc không quá thay đổi (do đặc thù nội dung không thể thay đổi nhiều được)

Mong được các bác góp ý nhiệt tình.